服务器相关 VASP的计算就跟开车一样，设计到很多的内容，比如大街上的路怎么铺的？桥怎么建的？发动机怎么工作的？方向盘怎么工作的，刹车片什么材料做的？车身颜色怎么喷的？ 没有人会懂所有相关的知识。但是怎么打开车门，坐车里，启动发动机，踩油门，打方向盘，这是本教程所关心的，也就是类似驾校教练指导你学会如何开车，而不是关系如何去造车，去铺路。这里的车就是VASP。要开车，必须手头上有车，没车我瞎BB再

简单说明： ASE提供的热力学模块可以很方便地获取气体分子的热力学数据比如吉布斯自由能，熵等。具体参见：https://wiki.fysik.dtu.dk/ase/ase/thermochemistry/thermochemistry.html。本节介绍下气体分子熵的计算，用到的是**IdealGasThermo**这一个模块，例子为氨气分子（NH3）。**IdealGasThermo**计算气体

在学习本书时，大师兄们会默认读者掌握了一些基本的电脑操作技能，以及化学的基本常识（结构化学，物理化学等）。本章列举出一些常用的计算工具和软件，以及假设大家掌握的一些技能。如果没有达到基本的要求，那么请在学习前面几章的同时，抓紧提升自己的能力。 化学的基本知识如果没有掌握，不建议学习本书。 1 操作系统 做计算，有三个操作系统可以选择： Windows 系统：会使用Windows系统:会开机，打字，

1）为什么Hard？ 现如今浮躁的科研圈，社会风气下，速成思想，快餐文化害死人，图快的读者中，就有很多来自做实验的。现在大家普遍认为：实验+计算很好发文章。两者结合可以更深入地理解你的研究体系，发现并解决科研中有价值的科学问题。但很多老师却感觉计算就是动动鼠标，操作个软件的活，是个人就能做计算似的。在这种错误的理解，对计算难度过分低估，在高IF文章的诱惑下，安（suan）排（ji）自己的学生去搞计

在学习本书时，大师兄们会默认读者掌握了一些基本的电脑操作技能，以及化学的基本常识（结构化学，物理化学等）。本章列举出一些常用的计算工具和软件，以及假设大家掌握的一些技能。如果没有达到基本的要求，那么请在学习前面几章的同时，抓紧提升自己的能力。 化学的基本知识如果没有掌握，不建议学习本书。 1 心态 主动行动、思考 学习过程中要时刻抱着主动的心态去解决问题。 遇到不会的问题,主动去查找解决方法; 遇

首先导入模块 from matminer.data_retrieval.retrieve_MP import MPDataRetrieval 实例化 MPDataRetrieval 这个类 mpdr = MPDataRetrieval(api_key=’qIAww9QnUnXQJO41’) # 自行查阅自己的api_key 在实例化 MPDataRetrieval 时需要输入用户在 Materia

今天分享一个Improved Dimer Method （IDM）的小脚本。IDM和传统的Dimer方法，NEB一样，都用于优化过渡态。Dimer方法的话，VTST（https://theory.cm.utexas.edu/vtsttools/）已经包含很多相关的脚本，咱们就不重复造车了。NEB结合IDM优化过渡态也很高效，成功率非常高，有兴趣的可以尝试下。分享脚本前主要介绍以下几点： 1） ID

VTST的编译并不难，关键主要有2点： 1）VASP能顺利编译 2）VTST编译的时候，严格按照官网的说明一步一步来即可。 为什么要编译VTST，说白了还是VASP自带的功能不强大，没法解决我们的实际计算问题，主要是过渡态结构的搜索。因此，我们需要把VTST的一些功能添加到VASP中。网上可以搜到很多相关的编译教程，这里主要简单介绍下编译的几点注意事项，理清编译的思路，增加成功率。 首先，在编译V

VASP官方在Youtube上开了自己的channel，虽然只有寥寥300多人关注，但也分析了9个视频。下载下来后大约是1G左右。1G只是个嚼头而已。主要内容如下： 1 Advanced_methods_of_molecular_dynamics_VASP_Lecture 2 Basics_of_machine_learning_force_fields_VASP_Lecture 3 Electr

ASE消虚频的小脚本 做计算，虚频是令我们又爱又恨的一个东西。结构优化的时候，出现虚频，往往需要我们花费大量的时间和精力去消掉它们，最后搞得精疲力尽。算过渡态的时候，它又不出来，又得折腾个半死才出现。再不幸一些，除了过渡态对应的虚频外，还出现了一个伴生的姐弟虚频，我们又得继续消下去。本节简单介绍一个结构优化时消虚频的小脚本。主要是根据虚频的振动方向将体系中对应原子的坐标进行微调，然后用于重新优化。